Amanda Knox och mordet på Meredith Kercher i Perugia

Det verkar inte alls vara självklart med tanke på utvecklingen i AKs och RSs överklagan.

Resten av ditt inlägg håller för låg nivå för att förtjäna ett svar. Nice sig, förresten. I'm scared... oooh.

Tack för svaret. Jag har förstås fler följdfrågor och kommentarer. Men jag ville först svara på det citerade.

Svaret på det fanns med i det öppna brevet.
Det är väl något helt annat än Luminol, ett mycket trubbigare verktyg, som enligt vad jag förstår reagerar på en hel del saker förutom blod?

Enligt domen används kniven som mordvapen. Teorin är att Amanda har använt kniven, fört tillbaka den till Sollecitos lägenhet och skrubbat den så noga med klorin att alla spår försvunnit, förutom då:


Hur troligt skulle du uppskatta att det är givet denna blodtest att skulle röra sig om DNA från blod? Speciellt då med förutsättningen att kniven är ordentligt rengjord med klorin?

Jag måste säga att jag är förvånad över den här delen. Jag trodde faktiskt att Mark Waterbury hade presenterat fakta på åtminstone någorlunda rätt sätt. Samma invändningar finns i Amanda Knox överklagan och jag har sett den från andra håll. Samma invändning görs av Sollecitos försvarsexpert professor Adriano Tagliabracci under rättegången, t.ex.


http://www.seattlepi.com/local/artic...nce-895012.php

Skulle du kunna utveckla lite?

Finns det alltså inte en tröskelnivå där mängden DNA är så liten så att amplikationen med PCR-teknik riskerar att ge ett missvisande resultat? Finns det inte en förinställd gräns för vad maskinen är garanterad att klara av? Vad menar Stefanoni när hon skriver "Too low"?

http://www.injusticeinperugia.org/toolow.html

Byter hon bara protokoll eller improviserar hon på ett mindre passande sätt?

Den stora skillnaden mellan det här fallet och exempelvis Arbogafallet är att vi här redan har en brottsling fälld för mordet, Rudy Guede, som passar in i mallen av en sexualmördare av samma typ som Elin Krantz' mördare Ephrem Tadele Yohannes. Den alternativa förklaring som krävs för att Knox och Sollecito skall vara oskyldiga har helt andra förutsättningar att vara sann än i Arbogamålet.

Jämförbart vore om Emma Jagestig och hennes sambo hade åtalats för att tillsammans med Christine Schürrer mördat Max och Saga. De fanns ju i huset i samband med brottet, har lämnat DNA på brottsplatsen och de kan inte bevisa att allt inte var arrangerat. Det troliga är inte att de tre handlat tillsammans, utan att Schürrer handlat ensam. På samma sätt är det troligt att Rudy Guede handlat ensam.

Någon annan metod än PCR-metoden är inte tänkbar när det gäller att analysera DNA på rmellan fem och femtio kopior, vilket är ungefär det spann vid vilket LCN-metoden används, och all DNA-profilering av idag bygger på DNA-amplifiering med PCR-teknik.

Vad du tänker på är att Waterbury skriver att den ökade känsligheten inte åstadkoms genom fler PCR-cykler, utan genom att skruva upp känsligheten på flöuorescensdetektorn. det innebär inte att PCR inte har använts.

Jag tycker fortfarande att invändningen är autistisk. Det intressanta är inte om de fick mönstret genom att göra några cykler extra, utan hurpass säker identifikationen är. Om mönstret är osäkert är det det man ska skjuta in sig på, inte på huruvida man fick fram profilen genom att köra några extra cykler - vilket för övrigt har sin egen problematik det också - eller genom att vrida upp känsligheten i fluorescensdetaktionen.


Det gör det kanske, men det beror på ett antal olika faktorer, där man normalt inte har kontroll över alla. Teoretiskt sett ska varje cykel i den linjära amplfieringsfasen gen 100% mer av sekvenserna mål-DNA, men så mycket blir det aldrig. Riktigt bra oligonukleotider, och ett välavstämt protokoll, kan ge ett utbyte på sådär 85%. Bra oligonukleotider i ett standardprotokoll man ge 80% om man har tur, och 75% om man inte har fullt så mycket tur. Bara skillnaden mellan att ha 78% effektivitet i cyklerna i stället för 75% gör att man kan med samma säkerhet vid 78% amplifiera mellan 35 och 40% av mängden som behövs för 75%. Det är alltså inte i sig jättemärkligt att försöka se hur långt man kan ta sig in i LCN-territorium genom att skruva upp känsligheten på fluorescensen på en "vanlig" PCR-körning.

Sedan framgår det av dina nya texter att det inte vara apparaten som hade signalerat too low, utan Stefanoni som hade skrivit det - dvs hon hade med all sannolikhet inte alls skrivit too low, utan troppo basso; det är bara på film som tyskar, italienare etc alla till vardags talar engelska, fast med olika brytningar . (Jag är stenhård på att man antingen ska citera på originalspråk eller på resten av textens språk, har man italienska återgiven på engelska får man vackert översätta engelskan till svenska.) Stefanoni har inte fått en tydlig profil, och då skruvat upp förstärkningen för att se om hon kunde få nåt, och fått nåt. Det har jag i sig inga synpunkter på. Däremot kvarstår ju frågan hurpass säker profilen är - rimligen får den ett lägre säkerhetsvärde på det viset, men hur mycket beror på hurpass snyggt det ser ut - hurpass rena band man får, och hur väl de överensstämmer med MT:s.

Hon improviserar, men inte på något särskilt särpräglat sätt. Hurpass passande det är beror på hurpass tydlig och odiskutabel profil hon får fram på det viset. Om det är sant att det inte fanns någon som helst negativ kontroll som testades på samma sätt, har man mindre möjlighet att bedöma hurpass snygg profilen alls är heller.

Jo, jag håller med dig. Jag kan ha fel, men jag tror alltså att det jag länkade till ovan var Stefanonis orginalanteckningar: http://www.injusticeinperugia.org/toolow.html

Som jag fortfarande uppfattar det om man skall lita på andrahandskällorna kommer maskinen med en förinställd lägre gräns för vad som kan testas. Maskinen signalerar "too low" och det är därför Stefanoni skriver ner det.

Nedanstående från signaturen Greggy på Perugia Murder Files forum kan inte få dig att modifiera dina slutsatser? Greggy tillhör alltså dem som tror att Knox och Sollecito är skyldiga, men han tycker inte som vetenskapsman att den dubbla dnakniven är ett bra bevis:

My company makes PCR kits for scientists. We don't guarantee the results unless you follow the protocol. We follow ISO, an international system of quality. Every time you change anything you have to document it and then validate it versus the old method. It is a way of thinking that ensures the highest level of quality control. In this case, Dr. Stefanoni needed to validate her new PCR protocol before being able to use it in court as scientific evidence to convict AK47. I suggest that Dr. Hampikian is heavily basing his contamination opinion on the extremely tiny amount of Kercher DNA calculated to have been originally in the knife blade crevice. I have seen no estimation presented of this amount but suspect it to be at the outer limits of current quantitative PCR technology in the fentogram (10e-15) range. Results in that range are often reported as contamination and are most often of the PCR scientists performing the assay themselves. But, in terms of all or none qualitative evidence, if the blade DNA evidence remains accepted in testimony, then the evidence is highly damaging to knife-boy because it puts Miss Kercher at the end of a knife he owns either in his apartment or somewhere else. He is directly linked by the bra clasp DNA evidence to the clean-up but not to the murder because he could have handled and removed the bra after the murder because the blood pattern was dried. Testimony during the trial estimated that the knife-boy's DNA on the bra clasp was in the low nanogram range (10e-9) which is a million times more than the knife crevice DNA. This is a high amount result and will be nearly impossible to overcome with a contamination defense.

I am still torn on the validity of the knife crevice DNA results. One side of my brain, the young enthusiastic scientist I once was, says accept the evidence and use it. Dr. Stef 's lab team showed ingenuity and innovation developing a new PCR protocol that detected Miss Kercher's DNA at extremely low amounts. You can't fake a PCR result; don't let these murderers get away. The other side of my brain, the seasoned older scientist I have become, says Whoa, slow down Boy. You have to use established procedures in criminal trials; someone's life is at issue. Some of you have referred to the PCR protocol that Dr. Stef's lab group used as the Low Copy Number (LCN) PCR protocol, which has been accepted in some court cases. From my reading of the trial testimony, it reads like they did not use the LCN protocol, but developed a new PCR protocol with different steps and cycles to obtain the single result. The results were not done in duplicate whereas the PCR assay kits we all use clearly call for results to be performed at least in duplicate and preferably in triplicate. There has been no validation of this new PCR protocol comparing it to the old protocols looking for potentially spurious results. There has been no Quality Assurance oversight and sign-off of the blade DNA result because it would fail such a review. So I am torn on the validity of the knife crevice DNA result and think that the fog it added to this murder case was unnecessary when all the other DNA results are so strong and recently re-affirmed by the court as indisputable.

Ur ett annat inlägg av Greggy:

Dr. Stefanoni and her DNA technicians did not use the polymerase chain reaction (PCR) protocol that many people refer to as low copy number (LCN) analysis. They developed a somewhat unique protocol, one aspect of which employed even more DNA replication cycles than LCN analysis, resulting in greater amplification and, unfortunately, inducing greater artifacts. In my opinion, the Kercher DNA results on the blade should never had been allowed in court, and actually weakened the entire case, because it opened the door for a possibly successful appeal.[...]

You can't wear the distinguished mantle of scientific evidence unless you use an approved method and reproduce the results. Presenting evidence in court is not the same as presenting a research project. One commentator on this forum compared the MK DNA results on the blade to a photograph, but a photograph cannot carry the mantle of scientific results because it can be easily manipulated, as poor Megan Fox will attest to, having her head stapled on bodies in photos all over the internet.

You can't use a research project to help convict someone of murder. If Dr. Stefanoni had come into the courtroom with a stack of data and graphs showing that her new PCR protocol worked with other samples compared to control PCR protocols and didn't give non-specific results, I would stand down. The fact that the results couldn't be reproduced is also a major sticking point. Every new form of scientific evidence has its first birthday in a courtroom if it can be shown to be valid. But in this case, what I perceive from a continent away is that Dr. Stefanoni pulled out all stops to get results. She knew Ak47 was guilty. That worries me as a scientist. What would worry me more is if AK47 is able to mastermind a successful appeal out of this PCR protocol controversy, which is why I suggested that this particular piece of evidence should have been dropped. (mina fetningar)

Tack Hamilkar för förklaringen.

En invänding som jag tycker låter rimlig men som jag inte kan bedöma själv är att det tydligen är så att Stefanonis resultat krävde att man för hand väljer att stryka vissa "peaks" som brus (som ett resultat av att man skruvar upp känsligheten) medans man bedömer andra som äkta.

Det som är problemet är att Stefanoni redan hade profilerna på Knox och Sollecito vilket anses vara en felkälla eftersom det kan orsaka "bias" i selekteringen. Det blir subjektivt.

En sådan analys ska alltså utföras av någon som inte vet vilka profiler beställaren är ute efter, så att säga.

Det var tydligen detta som ledde till att Stefanoni vägrade in i det sista att utelämna sin rådata, trots att domaren uppmanat henne att göra det.

Detta nämndes i en annan text av Waterbury om jag inte minns fel. Jag kan leta länken om någon önskar det.

Så är OK att göra om man har en representativ negativ kontroll som uppvisar vissa "spökband" som också finns i provet, men inte annars skaffar man sig fler frihetsgradera om man gör så, vilket sänker signifikansen, och måste räknas med. Om det är så att Stefanoni har "cherry-picked" de band som matchar Knox DNA, och strukit resten, blir pålitligheten på provet extremt mycket lägre. Den behöver inte bli alldeles noll, det beror på, men man får extremt mycket lägre signifikans om man gör på det viset. Men min invändning från min tidigare postning kvarstår: Det finns ingen anledning att jiddra om själva amplifikationsproceduren och signalförstärkningen i sig. Menar man att profilen har åstadkommits genom cherry-picking, så är det det som man ska skjuta in sig på. Och då förstår jag inte riktigt varför Waterbury inte gör en större affär av det i sin sammanfattning, i stället för att ta upp invändningar som i sig själv är irrelevanta.



Normalt räcker det med att man inte har profilen framme. Få forensiska molekylärbiologer orkar hålla hur många band som helst i huvudet, och de gör ganska många analyser. Men om man direkt matchar svaga band mot en befintlig profil, och på grundval av den avgör vilka band man ska ta med och inte, så har man en helt annan statistisk osäkerhet i vad man håller på med än om man läser av profilen direkt, och kan man inte räkna på statistiken och konstatera att man fortfarande, trots förfarandet, har kvar tillräcklig signifikans, (vilket man kan ha, men vanligen inte har) ska man släppa ett sånt prov.

Man, som sagt, om det var så det gick till, förstår jag inte varför Waterbury inte är explicit om den saken i sin sammanfattning av kritiken mot DNA-bevisningen.

Jag tycker alltså inte att det är riktigt det han säger. Det han kallar för sitt older, seasoned scientific self skulle jag kalla för hans commercial technologist self - det är ju uppenbart att han har gått över till företagsvärlden. Det är klart att man behöver validering i vetenskapssammanhang, men just ISO-certifiering har ingenting med vetenskap, och allt med industriell kvalitetskontroll, att göra. Säkerheten i Stefanonis procedur beror helt på hurpass många gånger hon har gjort så tidigare, och med vilket resultat. Mina PCR-procedurer är inte ISO-certifierade, bara dokumenterade i vetenskapliga publikationer i internationella topptidskrifter. Likafullt kan kan de repeterbart amplifiera en enstaka DNA-molekyl tillsammans med tiotusentals eller hundratusentals andra med mycket hög precision - över 90%. Det finns det ingen ISO-certifierad procedur som kan än. Skulle jag ha varit hänvisad till ISO-certifierade procedurer, skulle jag aldrig ha fått fram mina resultat. Så bara för att en vetenskapsman inte använder tillverkarens protokoll exakt som det är skrivet, betyder det inte att resultatet är dåligt.Vetenskapen skulle i själva verket gå fram bra mycket långsammare om vetenskapsmän vore tvingade att följa tillverkarnas bruksanvisningar vad saken än gällde.

Sen beror det naturligtvis helt på vad Stefanoni hade på fötterna för att göra som hon gjorde. men det är en annan pilsner, och jag ser, från min ståndpunkt som vetenskapsman, inget a priori förkastligt i det - under förutsättning att hon visste precis vad hon gjorde, och att det hade givit adekvata resultat tidigare. Han har rätt i att det hade varit fördelaktigt med duplikat- eller triplikatprov, men det gör inte ett enkelprov i sig värdelöst under fri bevisvärdering. (Observera att också Greggy arbetar i ett rättssystem med formell bevisvärdering.)

Att man ökar artefaktriskan med fler cykler är alldeles riktigt. Så länge man nar sjysta negativa kontroller så kan man dock hantera det problemet hyfsat - lite grann beroende på hur mycket artefakter det är.. Dock stämmer inte det Greggy säger med vad Waterbury säger. Waterbury säger ju att profilen inte åstadkoms genom att utöka antalet PCR-cykler, utan genom att vrida upp känsligheten på fluorescensförstärkningen. Det seglar omkring lite för mycket uppgifter om den där jäkla PCR-analysen, som jag har svårt att inse hur de allihop kan vara sanna, och det gör det ju svårare att bedöma substansen i invändningarna.

Här visar Greggy extremt tydligt hur präglad han är av sitt formella bevisvärderingssystem, som är helt irrelevant för det här rättsfallet. Under fri bevisvärdering, kan det aldrig någonsin skada åtalet att inkludera ett svagt beviselement i bevisningen.

Han verkar vara mer explicit om just den aspekten här:

http://www.sciencespheres.com/2010/1...-part-iii.html

(Through the Motivation Report, part III]