https://sv.wikipedia.org/wiki/Malajisk_myrkott
Teorier om SARS-CoV-2-ursprung
Det är osannolikt att SARS-CoV-2 uppstod genom laboratoriemanipulation av ett relaterat SARS-CoV-liknande coronavirus. Som nämnts ovan är RBD för SARS-CoV-2 optimerad för bindning till human ACE2 med en effektiv lösning som skiljer sig från de som tidigare förutsagits 7 , 11 . Om genetisk manipulation hade utförts, skulle ett av de flera omvända genetiska systemen som finns tillgängliga för betacoronavirus förmodligen ha använts 19 . De genetiska data visar emellertid oåterkalleligt att SARS-CoV-2 inte härrör från något tidigare använt virusskelett 20. Istället föreslår vi två scenarier som på ett rimligt sätt kan förklara ursprunget till SARS-CoV-2: (i) naturligt urval i en djurvärd före överföring av zoonot; och (ii) naturligt urval hos människor efter zoonotisk överföring. Vi diskuterar också om urval under passering kunde ha gett upphov till SARS-CoV-2.
1. Naturligt urval i en djurvärd före överföring av zoonot
Eftersom många tidiga fall av COVID-19 kopplades till Huanan-marknaden i Wuhan 1 , 2 , är det möjligt att en djurkälla fanns på denna plats. Med tanke på likheten mellan SARS-CoV-2 och bat SARS-CoV-liknande coronavirus 2 , är det troligt att fladdermöss fungerar som reservoarvärdar för dess föregångare. Även om RaTG13, provtagd från en Rhinolophus affinis fladdermus 1 , är ~ 96% identisk totalt sett som SARS-CoV-2, avviker dess spik i RBD, vilket antyder att den kanske inte binder effektivt till mänsklig ACE2 7 (Fig. 1a ).
Malayanska pangoliner ( Manis javanica ) som olagligt importeras till Guangdongprovinsen innehåller koronavirus som liknar SARS-CoV-2 21 . Även om RaTG13 bat-viruset förblir det närmast SARS-CoV-2 över genomet 1 , uppvisar vissa pangolin coronavirus stark likhet med SARS-CoV-2 i RBD, inklusive alla sex viktiga RBD-resterna 21 (fig. 1 ). Detta visar tydligt att SARS-CoV-2 spikproteinet optimerat för bindning till humanliknande ACE2 är resultatet av naturligt urval.
Varken flaggermusbetakoronavirus eller pangolinbetakoronavirus som hittills har provats har polbasiska klyvningsplatser. Även om inget animaliskt koronavirus har identifierats som är tillräckligt likt det som har tjänat som den direkta föräldern till SARS-CoV-2, är mångfalden av koronavirus hos fladdermöss och andra arter massivt undersamplade. Mutationer, infogningar och raderingar kan inträffa nära S1 – S2-korsningen av coronavirus 22, vilket visar att den polbasiska klyvningsplatsen kan uppstå genom en naturlig evolutionär process. För att ett föregångarvirus ska erhålla både det polbasiska klyvningsstället och mutationer i piggproteinet som är lämpligt för bindning till humant ACE2, måste en djurvärd troligen ha en hög befolkningstäthet (för att tillåta att naturligt selektering fortskrider effektivt) och en ACE2-kodning gen som liknar den mänskliga ortologen.
2. Naturligt urval hos människor efter zoonotisk överföring
Det är möjligt att en stamfader av SARS-CoV-2 hoppade in i människor och förvärvade de genomiska egenskaperna som beskrivs ovan genom anpassning under oupptäckt överföring mellan människor och människor. När dessa anpassningar väl har förvärvats skulle pandemin kunna starta och producera en tillräckligt stor grupp av fall för att utlösa övervakningssystemet som upptäckte det 1 , 2 .
referenser
1.
Zhou, P. et al. Natur
https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7 (2020).
Artikel
Google Scholar
2.
Wu, F. et al. Naturen
https://doi.org/10.1038/s41586-020-2008-3 (2020).
Tack
Vi tackar alla som har bidragit med sekvenser till GISAID-databasen (
https://www.gisaid.org/ ) och analyser till Virological.org (
http://virological.org/ ). Vi tackar M. Farzan för diskussioner och Wellcome Trust för stöd. KGA är en Pew Biomedical Scholar och stöds av NIH-bidrag U19AI135995. AR stöds av Wellcome Trust (Collaborators Award 206298 / Z / 17 / Z ― ARTIC-nätverket) och Europeiska forskningsrådet (bidragsavtal nr 725422 ― ReservoirDOCS). ECH stöds av ett ARC: s australiska Laureate Fellowship (FL170100022). RFG stöds av NIH-bidrag U19AI135995, U54 HG007480 och U19AI142790.
FÖRFATTARINFORMATION
tillhörighet
Institutionen för immunologi och mikrobiologi, Scripps Research Institute, La Jolla, CA, USA
Kristian G. Andersen
Scripps Research Translational Institute, La Jolla, CA, USA
Kristian G. Andersen
Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh, UK
Andrew Rambaut