Nej det är helt normalt att .wine-katalogen blir kvar. Pakethanteraren rensar inte bort dina egenskapade filer.
Det är dock helt ofarligt att radera den
om du inte har något Windows-program installerat, då den skapas upp helt automatiskt nästa gång du startar Wine.
Det är dock värt besväret att lägga in senaste versionen av Wine istället för den som följer med Ubuntu. Kika på
http://www.winehq.org/download/deb för en guide i hur man gör.
När du väl gjort som det står där så kommer du att regelbundet (ungefär varannan vecka) få senaste versionen av Wine automatiskt som en del av dina vanliga uppdateringar.