Här har du lite bakgrundsinformation om varför det blivit som det blivit.
http://support.microsoft.com/kb/q93373/
Att hålla på och ändra enhetsbokstaven på bootpartitionen är att be om problem. Det går att göra, men det är ganska mycket pulande, och man glömmer lätt nåt. Det säkraste är att installera om.
Det finns några knep för att komma runt problemet. 
* Ändra ordningen på diskarna rent fysiskt, så du sätter den du vill ha som systemdrive på den "första platsen" av de grejer du har i datorn, exempelvis på kanal 0 på controller 0. 
* Ändra namngivningen på de olika controllersarna/kanalerna i BIOS. Se till att den controller/kanal din systemdisk sitter på är den första i ordningen. Obs att detta _inte_ är samma sak som bootordningen du också kan ställa i BIOS.
* Ryck ut allt utom den disk du vill ha som systemdisk + den cdromenhet du ska installera från, installera windows, och koppla in de andra diskarna igen. 
Det sistnämnda är nog det enklaste.