Ett WOL-paket (eller egentligen frame) kan kapslas in i nästan vilken sorts protokoll som hellst. Dom WOL-program som har stöd för remote-WOL använder vanligtvis udp på port 9.
Vilket program är det du använder?
btw, här är en bra howto om wake on lan:
http://gsd.di.uminho.pt/jpo/software/wakeonlan/mini-howto/