• 1
  • 2
Igår, 17:41
  #1
Medlem
Andvaranauts avatar
Man tar 20 kvävebaser vardera från tvenne DNA-strängar, dessa i sig kommer från två olika djur, som man försöker jämföra. Alla understrukna bokstäver är skillnader.

O:CCTTGGGCCTCCCGCCAGGC
B: CCTTGGGCTCCCGCCAGGCC

De skiljer sig åt och därför lägger genetiker in ett hålrum emellan (-) så att båda börjar likna varandra.

O:CCTTGGGCCTCCCGCCAGGC
B: CCTTGGGC-TCCCGCCAGGCC

https://cmgm-new.stanford.edu/biocomp/compari7.html
As you might guess, there are lots of possible options to do so, and the longer the sequences are the more options to align two sequences will exist.
Two sequences can always be aligned, whether they are similar or not.


https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK20255/
A conclusion that two (or more) genes or proteins are homologous is a conjecture, not an experimental fact. We would be able to know for a fact that genes are homologous only if we could directly explore their common ancestor and all intermediate forms. Since there is no fossil record of these extinct forms, a decision on homology between genes has to be made on the basis of the similarity between them, the only observable variable that can be expressed numerically and correlated with probability

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1734/
Chapter 9BLAST QuickStart
A BLAST alignment consists of a pair of sequences, in which every letter in one sequence is paired with, or "aligned to," exactly one letter or a gap in the other.
For nucleotide alignments, BLAST uses a reward of +2 for aligned pairs of identical letters and a penalty of −3 for each nonidentical aligned pair. The creation of a gap in an alignment results in a negative "gap-creation" penalty, with each extension of a preexisting gap incurring a lesser penalty.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/N...ort=objectonly

Det som sker är att man skapar likheter som inte finns eftersom man jämför äpplen och päron. Hur kan man egentligen veta att allting kommer från samma släktled när man nödvändigtvis måste göra så många antaganden rent matematiskt?
__________________
Senast redigerad av Andvaranaut Igår kl. 17:49.
Citera
Igår, 17:54
  #2
Medlem
Creaturs avatar
Citat:
Ursprungligen postat av Andvaranaut
Man tar 20 kvävebaser vardera från tvenne DNA-strängar, dessa i sig kommer från två olika djur, som man försöker jämföra. Alla understrukna bokstäver är skillnader.

O:CCTTGGGCCTCCCGCCAGGC
B: CCTTGGGCTCCCGCCAGGCC

De skiljer sig åt och därför lägger genetiker in ett hålrum emellan (-) så att båda börjar likna varandra.

O:CCTTGGGCCTCCCGCCAGGC
B: CCTTGGGC-TCCCGCCAGGCC

https://cmgm-new.stanford.edu/biocomp/compari7.html
As you might guess, there are lots of possible options to do so, and the longer the sequences are the more options to align two sequences will exist.
Two sequences can always be aligned, whether they are similar or not.


https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK20255/
A conclusion that two (or more) genes or proteins are homologous is a conjecture, not an experimental fact. We would be able to know for a fact that genes are homologous only if we could directly explore their common ancestor and all intermediate forms. Since there is no fossil record of these extinct forms, a decision on homology between genes has to be made on the basis of the similarity between them, the only observable variable that can be expressed numerically and correlated with probability

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1734/
Chapter 9BLAST QuickStart
A BLAST alignment consists of a pair of sequences, in which every letter in one sequence is paired with, or "aligned to," exactly one letter or a gap in the other.
For nucleotide alignments, BLAST uses a reward of +2 for aligned pairs of identical letters and a penalty of −3 for each nonidentical aligned pair. The creation of a gap in an alignment results in a negative "gap-creation" penalty, with each extension of a preexisting gap incurring a lesser penalty.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/N...ort=objectonly

Det som sker är att man skapar likheter som inte finns eftersom man jämför äpplen och päron. Hur kan man egentligen veta att allting kommer från samma släktled när man nödvändigtvis måste göra så många antaganden rent matematiskt?
Jag är inte så insatt i sånt här så jag kanske inte förstår problemet rätt. Men gör man inte också matematiska beräkningar om vilka av de olika möjligheterna som är mest sannolika. T ex om man jämför äpplen, päron och blåbär så går det kanske att konstruera ett scenario där äpple är närmare släkt med blåbär än med päron. Men det scenaret skulle kräva fler förändringar än ett alternativt scenario där äpplen står närmare päron, så detta sistnämnda är mindre osannolikt.
Citera
Igår, 18:10
  #3
Medlem
Kundalinis avatar
Citat:
Ursprungligen postat av Creatur
Jag är inte så insatt i sånt här så jag kanske inte förstår problemet rätt. Men gör man inte också matematiska beräkningar om vilka av de olika möjligheterna som är mest sannolika. T ex om man jämför äpplen, päron och blåbär så går det kanske att konstruera ett scenario där äpple är närmare släkt med blåbär än med päron. Men det scenaret skulle kräva fler förändringar än ett alternativt scenario där äpplen står närmare päron, så detta sistnämnda är mindre osannolikt.

TS är ett kreationistiskt troll. Hela hans poäng är att han tror att man med matematisk nödvändighet alltid kommer att komma fram till att olika DNA-sekvenser eller aminosyrekedjor är besläktade med varandra.

Hen tror att att likheten mellan två sekvenser uppbyggt av fyra element alltid minst kommer att vara 25% eftersom 100 / 4 = 25.

Sad but true.

Självklart har du rätt i att man analyserar likheter mellan DNA-sekvenser för att bygga den sortens släktskapsträd som du nämner.

Från https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK20255/

"The higher the similarity between two sequences, the lower the probability that they have originated independently of each other and became similar merely by chance (see 4.2). Indeed, if we take two sequences of 100 amino acid residues each that have, say, 80% identical residues, we can calculate the probability of this occurring by chance, find that it is so low that such an event is extremely unlikely to have happened in the last 5 billion years, and conclude that the sequences in question must be homologous (share a common ancestry). Even for proteins that share a much lesser degree of identity, alignment of counterparts from all walks of life is often straightforward, and there seems to be
no reasonable doubt of homology. For example, although sequences of the ribosomal protein L36 from different species (Figure 2.1) exhibit considerable diversity and only a single amino acid residue is conserved in all the sequences, they align unequivocally and are indisputable homologs."
Citera
Igår, 18:42
  #4
Medlem
Andvaranauts avatar
Citat:
Ursprungligen postat av Creatur
Jag är inte så insatt i sånt här så jag kanske inte förstår problemet rätt. Men gör man inte också matematiska beräkningar om vilka av de olika möjligheterna som är mest sannolika. T ex om man jämför äpplen, päron och blåbär så går det kanske att konstruera ett scenario där äpple är närmare släkt med blåbär än med päron. Men det scenaret skulle kräva fler förändringar än ett alternativt scenario där äpplen står närmare päron, så detta sistnämnda är mindre osannolikt.


Sannolikhet i sig är enbart matematiskt och ingenting annat. Gavin de Beer var en brittisk embryolog som sammanställde en skrift kallad "Homology, an Unresolved Problem". I den gjorde han jämförelser bland annat mellan utvecklingen av olika grodor (Rana fusca och Rana esculenta). Han skar bort synnervspapillen hos ett embryo (Rana fusca) vilket gjorde att den inte utvecklade någon ögonlins. När han återupprepade detta hos ett annat (Rana esculenta) utvecklade den ändå en ögonlins. Alltså blev detta besvärligt då båda dessa anses vara besläktade underarter.
Citera
Igår, 18:55
  #5
Medlem
pn222jws avatar
Kan dom likna varandra 99% utan att vara homologa?
Citera
Igår, 19:48
  #6
Medlem
Okej, det är väl dags för ännu en konsumentupplysning antar jag. TS är precis som Kundalini konstaterat, ett kreationistiskt troll som likt de flesta kreationister idag vägrar erkänna sig vara kreationister, utan i stället försöker sprida FUD om modern vetenskap. Tanken är att folk som inte är hemtama i ämnet ska börja tvivla på saker som evolution, ursprung och helst även icke-relaterade koncept som Big Bang och whatnot.

Till din hjälp tar han äldre och äldre publikationer som helt saknar relevans idag. Det började i den tråden som stängdes med en publikation från tidigt 80-tal, sedan en från sent 70-tal och nu är vi tydligen nere i tidigt 70-tal och det är inte ens vetenskapliga publikationer utan närmast kåserier.

Vid denna tid, 70-80-tal och tidigare, hade man inga sekvensierade genom. Man visste mycket, mycket lite om hur generna fungerar och man hade väldigt få exempel på gener vars struktur man kände till och vars proteiner/enzymer man hade bestämt strukturellt. Framförallt, vetenskapen embryologi, dvs den vetenskap som Gavin de Beer ägnade åt sig, var ännu en ganska lös vetenskap frikopplad från övrig biologi och evolution. Det som kallas den "nya syntesen" (som började på 20-40-talet) var etablerad, dvs insikten om att gener är "mekanismen" bakom evolution, var väl etablerad men just embryologin var ännu inte riktigt inlemmad i detta. Man visste inte om det var gener som styrde embryologiska processer, eller om det var en "egen grej" så att säga.

TS inte bara hittar fasligt inaktuella artiklar, utan missrepresenterar dem så klart också. Gavin de Beer visste att grodornas lins var en homolog struktur. Han sade detta med emfas. Annars hade det naturligtvis inte varit något värt att undersöka här alls. Frågan han ställde sig var alltså varför en grodart utvecklar lins medan den andra inte gör det, efter samma ingrepp i embryot, givet att man redan visste att strukturerna var homologa. Varför? Är det för att strukturerna inte är homologa? Nej, naturligtvis inte. Det var bara vetenskapen embryologi som ännu inte begagnat sig av styrkan hos genreglering. Många arter har precis samma strukturer och skillnader i generna kan vara helt på grund av drift eller godtycke utan bäring alls på funktion. Så, vi kan ha en grupp av gener som säger "ett ben, två ben, många ben, linjer av fem ben", dvs gener som säger "bygg en hand". Hos en groda blir det en grodhand, hos en människa blir det en människohand. Man har idag (dvs det är inte 1971 längre) flyttat över gener mellan arter, t.o.m. mellan fyla, t.ex från människa till bananfluga. Ge en bananfluga en hox-gen från människa, som har en homolog av denna gen, och genen (från människa) utför samma jobb i bananflugan, som dess ursprungliga gen hade gjort. Generna är alltså, bevisligen homologa.

1971 är väl omkring 15 år innan hoxgener upptäcktes, och det är klart att de Beer inte kunde förstå sitt resultat när mer modern evodevo visar att det inte är förändringar i gener för att bygga en lem som är relevanta, utan förändringar i de gener som säger saker som "här ska det vara en lem". På de Beers tid kände man inte till hoxgener, man förstod inte mycket kring det genetiska programmet och man hade ännu inte låtit vetenskaperna embryologi och genetik korsbefrukta varandra och bilda fältet "evodevo" som sätter saker i rätt sammanhang.

de Beer ifrågasatte inte homologer. Tvärt om, han utgick från dem, men kunde inte förklara varför saker ju faktiskt var homologa, visade sig eller inte visade sig, bara för att man mixtrat med något annat i ett grodfoster. Idag vet vi, så klart, att genreglering är ganska komplext, och vi har gener som reglerar hur andra grupper av gener uttrycks, hur och var i kroppen.

de Beers frågeställning skulle kunna sammanfattas som "om jag tar generna för en mänsklig hand och stoppar i en groda, varför blir det inte en mänsklig hand, utan en grodhand?"

Svaret var ganska enkelt. Även om strukturerna är homologa, och generna som bygger dessa alltså är homologa, så är den embryonala utvecklingen annorlunda. Dvs, helt andra gener har ändrats mellan arterna.

Idag vet vi ju att detta är en central del i hur evolution fungerar. Skillnaden mellan arter, speciellt närbesläktade, är i all väsentlighet framförallt en skillnad i embryonala processer snarare än att fundamentala homologa gengrupper har ändrats. Det är proportionerna som skiljer och de gener som ändrats är företrädesvis gener som reglerar processer i fosterlivet och inte gener som "bygger en lem" eller säger "här ska det vara ett tarmsystem", osv. Visst, gener som har tydliga morfologiska funktioner ändras ju också, men gener som styr grundläggande funktioner är i regel ganska konservativt selekterade.

Komiskt nog, det är tack vare de Beers forskning (bland annat) som vi faktiskt har börjat tala om homologa gener från första början! Homologi var fram tills dess något som gällde morfologi och stora strukturer. Vi visste inte alls att generna också i huvudsak ju var samma.

TS missrepresenterar ju också ungefär "allting" även i sitt första inlägg. Han försöker låtsas som att genomik bara är "gissningar" och "matematiskt finlir" för att "råka upptäcka" saker som egentligen (enligt TS) "inte finns". Ansatsen är att det finns ett problem, en fara, att massor av saker vi tror är homologa bara baserar sig på tillfälligheter. Det är givetvis en lögn. Det omvända råder: vi känner ännu inte till alla homologer och ingen kommer tro/säga att gener med samma baspar i en enda position är "homologa", därför att det är 25% sannolikhet för samma basparning. Detta är infantil nonsens och TS vet också om det. Det är inte av dumhet han sprider sånt här, utan av illvilja. TS är en kreationist som opererat ungefär som scientologer: håll tyst om att man är kreationist, vilseled kring vetenskap i stället. Och gör det hur lögnaktigt och oförskämt som helst, genom att t.ex. sprida falska rykten kring enskilda biologer.
Citera
Igår, 19:56
  #7
Medlem
Andvaranauts avatar
Citat:
Ursprungligen postat av pn222jw
Kan dom likna varandra 99% utan att vara homologa?

24, på måfå, sammansatta DNA-strängar med 4 kvävebaser vardera som inte förekommer mer än en gång i följd (CAGT, TGAC, CTGA, ACGT, TGCA, GACT o.s.v.) kommer ha en likhet på 25% i genomsnitt men även om det finns 100% likhet så har du inte bevisat att de kommer från samma källa. Du har bara funnit en likhet. Det är allt.
Citera
Igår, 20:00
  #8
Medlem
Kundalinis avatar
Citat:
Ursprungligen postat av Andvaranaut
24, på måfå, sammansatta DNA-strängar med 4 kvävebaser vardera som inte förekommer mer än en gång i följd (CAGT, TGAC, CTGA, ACGT, TGCA, GACT o.s.v.) kommer ha en likhet på 25% i genomsnitt men även om det finns 100% likhet så har du inte bevisat att de kommer från samma källa. Du har bara funnit en likhet. Det är allt.

Citerar återigen länken du lade upp innan:

"Indeed, if we take two sequences of 100 amino acid residues each that have, say, 80% identical residues, we can calculate the probability of this occurring by chance, find that it is so low that such an event is extremely unlikely to have happened in the last 5 billion years, and conclude that the sequences in question must be homologous (share a common ancestry)."



Det där räkneexemplet du kommer med gång på gång. Du vet att det är 18-årsgräns här?
Citera
Igår, 20:02
  #9
Medlem
Andvaranauts avatar
Citat:
Ursprungligen postat av Kundalini
Citerar återigen länken du lade upp innan:

"Indeed, if we take two sequences of 100 amino acid residues each that have, say, 80% identical residues, we can calculate the probability of this occurring by chance, find that it is so low that such an event is extremely unlikely to have happened in the last 5 billion years, and conclude that the sequences in question must be homologous (share a common ancestry)."



Det där räkneexemplet du kommer med gång på gång. Du vet att det är 18-årsgräns här?

Var det inte du som hävdade att 2 tärningar och två kortlekar kunde jämföras när det gäller sannolikhetsberäkningar? Jag tror inte du har så mycket att säga till om.
Citera
Igår, 20:04
  #10
Medlem
Kundalinis avatar
Citat:
Ursprungligen postat av Andvaranaut
Var det inte du som hävdade att 2 tärningar och två kortlekar kunde jämföras när det gäller sannolikhetsberäkningar? Jag tror inte du har så mycket att säga till om.

Klart du kan beräkna sannolikheter för såväl sexsidiga tärningar som kortlekar med 52 kort. Du kan nog inte, men det går ändå.
Citera
Igår, 20:19
  #11
Medlem
Andvaranauts avatar
Citat:
Ursprungligen postat av Kundalini
Klart du kan beräkna sannolikheter för såväl sexsidiga tärningar som kortlekar med 52 kort. Du kan nog inte, men det går ändå.

Du förstår väl att två tärningar med 4 sidor vardera (4 kvävebaser) har återkommande möjligheter som är oföränderliga medan två kortlekar har 52 möjligheter vardera som inte är oavhängiga (52 kvävebaser som inte finns)? Äpplen och päron. Du kan rulla en tärning med fyra sidor och få en trea två gånger i följd men du kan aldrig dra spader ess ur en kortlek mer än en gång.

Lycka till.
Citera
Igår, 20:28
  #12
Medlem
Kundalinis avatar
Citat:
Ursprungligen postat av Andvaranaut
Du förstår väl att två tärningar med 4 sidor vardera (4 kvävebaser) har återkommande möjligheter som är oföränderliga medan två kortlekar har 52 möjligheter vardera som inte är oavhängiga (52 kvävebaser som inte finns)? Äpplen och päron. Du kan rulla en tärning med fyra sidor och få en trea två gånger i följd men du kan aldrig dra spader ess ur en kortlek mer än en gång.

Lycka till.

Herregud, du är genuint lågbegåvad.
Citera
  • 1
  • 2

Skapa ett konto eller logga in för att kommentera

Du måste vara medlem för att kunna kommentera

Skapa ett konto

Det är enkelt att registrera ett nytt konto

Bli medlem

Logga in

Har du redan ett konto? Logga in här

Logga in