Jag skulle också säga Java. Bredare användningsområden - fler jobb.
En annan sak som kan vara bra att veta är ju att Java och C# är två språk som är ganska lika varandra vad gäller semantik och syntax. Sen besitter C# vissa saker som inte finns i Java och vice versa.
Hur som helst, väljer du Java så är det inga större konstigheter att konvertera till C# .NET om du skulle känna för det i framtiden.
EDIT: Samma sak gäller ju självklart åt andra hållet också
Kan du länka till utbildningarna så att man kan se själva innehållet i de båda?