2011-11-08, 00:10
  #25
Medlem
SciOques avatar
Citat:
Ursprungligen postat av stebe2
Jag läser då och då i evolutionssammanhang att mutationer för det mesta skulle vara neutrala. Som evolutionsbiolog borde man då syfta på de mutationer som har betydelse för evolutionen. Jag skulle vilja veta vilka forskare och vilka rapporter som menar att dessa mutationer i köncellerna oftast skulle vara neutrala och betydelselösa?

När jag läser vad medicinare och läkare kommer fram till i sin forskning är det helt tydligt att mutationer för det mesta är negativa. Och för en medicinare och läkare är ju ändå alla mutationer i alla celler intressanta för forskning inte bara de mutationer som sker i könscellerna.

Vad beror det på att man verkar komma fram till så tydligt olika slutsatser inom evolutionbiologin jämfört med biomedicin?

Jag kan inte svara på detta. Men wikipedia kan kanske göra det. http://en.wikipedia.org/wiki/Neutral_theory_of_molecular_evolution

Citat:
Ursprungligen postat av stebe2
2. Näpp. Studien visade just att även mutationer i de delar av DNAt som inte kodar för några protein också påverkade bakterien negativt. Det som förvånade forskarna var att dessa mutationer i de icke kodande delarna hade LIKA stor negativ effekt som mutationerna i protein-gener. Och man drog slutsatser att dessa delar spelar också en viktig funktion i styrning och reglering på olika sätt som vi ännu inte förstår riktigt.
Det så kallade skräp-DNAt håller på att bli mindre och mindre.

Jag har också tidigare sett möjligheten för prokaryoter att ha större chans att dra nytta av mutationer och lätt sprida de positiva vidare genom celldelning och genom att sprida DNA direkt till "kompisar" runt omkring. Nu visar denna studien att så gott som alla mutationer har en mätbar negativ effekt på tillväxten i en population oavsett om mutationer sker i de kodade eller i de okodade delarna. Väldigt få mutationer var neutrala och betydelselösa. Inga kommentarer fanns tyvärr om att några mutationer skulle ha ökat tillväxthastigheten........??!!

stebe2

Deras resultat kan kanske ha med mutationens storlek att göra. De flesta mutationer är mycket små och byter bara ut enskilda kvävebaser. Men om man fuckar up mRNA-polymeras eller vad de nu var som dom gjorde så får man en massa stora förändringar. Stora mutationer brukar vara negativa av den anledningen att de alltid "träffar" en gen. Bakterier har ju inte heller så mycket skräp-DNA så jag kan tänka mig att resultatet fortfarande inte är helt överförbart på människan.
Citera
2011-11-08, 01:07
  #26
Medlem
stebe2s avatar
Citat:
Ursprungligen postat av SciOque
Jag kan inte svara på detta. Men wikipedia kan kanske göra det. http://en.wikipedia.org/wiki/Neutral_theory_of_molecular_evolution



Deras resultat kan kanske ha med mutationens storlek att göra. De flesta mutationer är mycket små och byter bara ut enskilda kvävebaser. Men om man fuckar up mRNA-polymeras eller vad de nu var som dom gjorde så får man en massa stora förändringar. Stora mutationer brukar vara negativa av den anledningen att de alltid "träffar" en gen. Bakterier har ju inte heller så mycket skräp-DNA så jag kan tänka mig att resultatet fortfarande inte är helt överförbart på människan.

Inte mycket svar där på Wikipedia.
Det verkar som Neutrala-teorin bygger på hypotesen att de flesta mutationer är neutrala.

Och frågan kvarstår om så är fallet med de mutationer som sker i könscellerna och som kan ha någon betydelse för evolutionen?

Argumenteringen för detta med neutrala mutationer som skulle åka snålskjuts i det naturliga urvalet utan att ha någon betydelse liknar ju nidbilden av evolution som kreationister målar i vissa debatter. Dom hävdar att det är orealistiskt att tro att mutationer ska kunna ackumelleras till dess att de samlat på sig tillräckligt med information att det räcker till ett nytt protein och plötsligt så börjar genen producera ett protein som är "fantastiskt" och ger ett ökat överlevnadsvärde för organismen. Svaret från evolutionister blir alltid att evolutionen sker i små steg genom långsam förändring steg för steg genom naturligt urval.

Hur skall man hantera det ökade inslaget av slumpmässighet i denna teori?


I tester med t ex bananflugor måste man ju också räkna med att många befruktningar kanske kollapsar tidigt i celldelningen p g a mutationsproblem och endast de flugorna med tillräckligt små genetiska skador överlever och utvecklas till levande flugor om än missbildade. Dessa mutationer i könscellerna som orsakar tidig embryodöd måste man ju också försöka räkna med även om detta är svårt.

Jag fortsätter att hävda att biomedicinarna har rätt att de flesta mutationerna åtminstone i könscellerna är klart övervägande negativa.

Läs artikeln igen.
Det var små punktmutationer som gällde. Och det som förvånande var just att de mutationer som skedde i de okodade delarna som inte påverkade proteinsyntesen på något sätt ändå påverkade tillväxten lika negativt som mutationer som skedde i de kodade delarna som påverkar aminosyrornas ordning och därmed proteinets form, utseende och funktion.

Denna studie talar alltså tvärt emot Neutral-teorin.

stebe2
Citera
2011-11-08, 08:47
  #27
Medlem
SciOques avatar
Jag tolkade det som att det var mutationer i gener som kodade för RNA-strängar. Av det som man kunde läsa i Natures abstrakt alltså.

Har inte riktigt förstått vad dom har gjort men om du har rätt så har du rätt. Då är mutationer helt enkelt värdelösa.
Citera
2011-11-10, 19:03
  #28
Medlem
stebe2s avatar
Citat:
Ursprungligen postat av SciOque
Jag tolkade det som att det var mutationer i gener som kodade för RNA-strängar. Av det som man kunde läsa i Natures abstrakt alltså.

Har inte riktigt förstått vad dom har gjort men om du har rätt så har du rätt. Då är mutationer helt enkelt värdelösa.

Ja, om mutationer i bästa fall är värdelösa så är det ju inte så mycket att hänga i julgran när man skall försöka tänka sig att mutationerna skall ha muterat fram alla information som reglerar, styr och producerar allt som sker i alla organismers celler och kroppar.

Eftersom så många biologer ändå tror att detta har hänt borde det finnas fler övertygande exempel på mer än värdelösa, betydelselösa mutationer eller mutationer som är negativa men ger en positiv bieffekt i en extrem miljö.

stebe2
Citera
2011-11-11, 23:47
  #29
Medlem
Du måste ju även ta in selektion i beräkningen. Även om de flesta mutationer är negativa så kan gynnsamma mutationer, i de sällsynta fall de förekommer, föras vidare till nästa generation, medan de negativa selekteras bort.
Citera
2011-11-12, 00:41
  #30
Medlem
Citat:
Ursprungligen postat av stebe2
Eftersom så många biologer ändå tror att detta har hänt borde det finnas fler övertygande exempel på mer än värdelösa, betydelselösa mutationer eller mutationer som är negativa men ger en positiv bieffekt i en extrem miljö.
Glöm inte att jag redan har gett dig en lista med +1000 artiklar, många av dem relevanta för din fråga. Och nej, jag kommer inte sammanfatta +1000 artiklar åt dig.
Citera
2011-11-12, 04:53
  #31
Medlem
Kommendantens avatar
Vill börja med att be om ursäkt för att svaret har dröjt, har varit en hel del övertid på jobbet.

Citat:
Ursprungligen postat av stebe2
Vid genetisk drift handlar det inte om naturligt urval utan om ren slump att åka snålskjuts på nåt annat som blir selekterat.

"Har för mig att ~50% av alla protein som bildas måste vikas rätt eller är oreparerbara." Förklara vad du menar.

Det "långa perspektivet" är alldeles för slumpmässigt och osannolikt för min del. Plockar man bort det naturliga urvalet som selekterar på små förbättringar av egenskaper blir det bara slumpen kvar.

Hos det naturliga urvalet finns inget långt perspektiv. För det naturliga urvalet existerar bara nuet. Förväxla inte det naturliga urvalet med avel och växtförädling som det felaktigt görs i vissa läromedel.

Det var ju detta Darwin föreslog som falsifiering för sin teori. Att om man inte kunde förklara ett ökat överlevnadsvärde för varje litet steg så skulle detta falsifiera teorin. Det blir svårt att bara hoppa över detta.
Genetisk drift påverkar ändå resultatet. Om en positiv mutation sker hos en individ är det ändå inte säkert att den förs vidare. Bäraren kan likväl då av rovdjur, naturkatastrof eller halka i en flod och drunkna. Bara för att naturligt urval "styr" betyder det inte att det är det enda som påverkar.

Hur anser du att det långsiktiga perspektivet är slumpmässigt? Är det gott om föda osv så blir selektionstrycket mindre och nya mutationer kan spridas och "testas".

Helt rätt att det naturliga urvalet sker nu i varje ögonblick.
Citat:
Ursprungligen postat av stebe2
Förstår jag rätt att det handlar om att de åter-utvecklar en förmåga att bryta ned citronsyra?

"Nylonbakterierna" har jag studerat ganska bra. Förmågan att bryta ner rest-produkten från nylontillverkningen har de fått på bekostnad av de funktioner som de enzymerna hade tidigare. Bakterien har blivit mycket svag och sjuk och har mycket svårt att överleva i en naturlig miljö. I denna extrema nylonmiljö överlever den dock med stora svårigheter.
Jag tror också i detta fall att proteinerna förlorat sin tidigare veckning och form och klarar därför inte längre att fästa till de ursprungliga ämnena eller platserna.

Det är lite som sickelcell-anemi.

Den extrema och skyddade miljön i labbet är ingen naturlig miljö. Det är en miljö med konstgjort naturligt urval.

Det är fortfarande bara en bakterie som käkar en ny maträtt....Fortfarande ett enzym som sönderdelar käk.....

I evolutionshistorien måste vi tänka oss att helt nya proteiner hela tiden genom årmiljarderna skall ha uppkommit med helt nya strukturer med helt nya uppgifter på helt nya positioner i cellen. Och övergångarna till de nya funktionerna och positionerna måste ha skett i små små små små steg.
I flercelliga organismer skall också nya sorters celler med helt nya funktioner ha uppkommit i små små steg. Ett samspel och reglering mellan alla dessa nya celler skall också ha muterats fram i små små steg och sedan selekterats av det naturliga urvalet för varje litet steg.

stebe2
Nej. Vissa/en individer i en flaska fick en egenskap som lät dem metabolisera citronsyra. Sen undersökte forskare när den egenskapen "utvecklades" och såg att det skedde någonstans mellan generation 31,000 and 31,500.

Nylonbakterierna har jag inte studerat närmare så vet inte hur deras nedbrytningskedja ser ut.

Jag tycker det inte är så "bara" att de lyckas använda en ny "matkälla" på några decennier (eller hur lång tid det nu tog), speciellt inte med tanke på hur känsliga proteiner kan vara.

Cellspecialiseringen måste ha skett tidigt i utvecklingen, i de primitiva djuren är inte de specialiserade cellerna så koncentrerade. T.ex hos Poirfera (svampdjur) är de olika cellerna lite huller om buller, förutom choanocyter som tar upp näring från vattnet.
Citera
2011-11-12, 08:43
  #32
Medlem
stebe2s avatar
Citat:
Ursprungligen postat av johannordholm
Glöm inte att jag redan har gett dig en lista med +1000 artiklar, många av dem relevanta för din fråga. Och nej, jag kommer inte sammanfatta +1000 artiklar åt dig.

Du behöver bara sammanfatta dom 5 tydligaste positiva mutationerna.
Men skippa "nylon"-bakterierna, sickelcellanemi, resistenta bakterier där resistensen innebär att bakterien blir sjuk och svag, eller andra exempel på mutationer som gör organismen sjuk o svag, handikappad eller t o m döende men som ger en "positiv" bieffekt av skadan.

Då har vi något att diskutera kring.

stebe2
Citera
2011-11-12, 10:26
  #33
Medlem
stebe2s avatar
Citat:
Ursprungligen postat av Kommendanten
Vill börja med att be om ursäkt för att svaret har dröjt, har varit en hel del övertid på jobbet.


Genetisk drift påverkar ändå resultatet. Om en positiv mutation sker hos en individ är det ändå inte säkert att den förs vidare. Bäraren kan likväl då av rovdjur, naturkatastrof eller halka i en flod och drunkna. Bara för att naturligt urval "styr" betyder det inte att det är det enda som påverkar.

Hur anser du att det långsiktiga perspektivet är slumpmässigt? Är det gott om föda osv så blir selektionstrycket mindre och nya mutationer kan spridas och "testas".

Helt rätt att det naturliga urvalet sker nu i varje ögonblick.

Vi hade en lång intressant debatt om missförståndet kring det naturliga urvalet som tyvärr förpassades till kreationisttråden. (Den finns kring sidorna 150-160 nånstans tror jag.)
Det naturliga urvalet är en mycket destruktiv process som inte har möjlighet att styra något överhuvud taget. Och precis som du nämner beror det ofta på mycket slumpmässiga faktorer vilken som överlever. Miljön kan också växla dramatiskt och plötsligt. Temperatur, torka, regn, vind och andra klimatförhållanden har ju förändrats med cykler ofta mindre än 1000 år. Så miljön är sällan konstant och lika i miljoner år som det skulle krävas för att utveckla nya organ, nya funktioner och nya system.
Det naturliga urvalet är snarare konservativt och bevarande än "nytänkande" och experimenterande. Det naturliga urvalet dödar skoningslöst alla organismer med hoppfulla mutationer som skulle kunna bli fantastiska egenskaper i framtiden om mutationerna inte medför ett ökat överlevnadsvärde just i nuet. Det naturliga urvalet har ingen möjlighet att styra vart mutationer skall ske. Allt det naturliga urvalet har att göra är att ta emot vad mutationerna har åstadkommit, sortera bort det som inte klarar miljön och sedan lämna tillbaka egenskapen till mutationerna precis likadan som det naturliga urvalet tog emot den. Sedan är det åter bara mutationerna som kan påverka om egenskapen urvecklar sig vidare och förbättras eller försämras och förstörs.
Det är direkt felaktigt och förvillande att jämställa det naturliga urvalet med djuravel eller växtförädling där man selekterar utifrån ett förutbestämt mål.
(Blanda inte in epigenetiken. Den gör det bara ännu besvärligare för det naturliga urvalet att påverka något överhuvud taget.)
Precis som du säger måste vi räkna med att selektionstrycket är mycket svagt om det skall bli något utrymme för nya egenskaper att muteras fram. Men samtidigt så kan då inte urvalet påverka något heller. Då är det helt upp till mutationerna att bygga upp information för funktionella proteiner.
Men så också fallet med genetisk drift som du nämner. Där är det ju också helt upp till mutationerna att frambringa information i blindo som sedan kan få en fantastisk funktion när en cell börjar producera enligt informationen.

För det naturliga urvalet existerar inte något långt perspektiv, det kan inte planera eller styra någonting och kan inte se möjligheten i en ny spirande egenskap som håller på att muteras fram om den inte innebär ett ökat överlevnadsvärde i nuet.

Citat:
Nej. Vissa/en individer i en flaska fick en egenskap som lät dem metabolisera citronsyra. Sen undersökte forskare när den egenskapen "utvecklades" och såg att det skedde någonstans mellan generation 31,000 and 31,500.

Nylonbakterierna har jag inte studerat närmare så vet inte hur deras nedbrytningskedja ser ut.

Jag tycker det inte är så "bara" att de lyckas använda en ny "matkälla" på några decennier (eller hur lång tid det nu tog), speciellt inte med tanke på hur känsliga proteiner kan vara.

Cellspecialiseringen måste ha skett tidigt i utvecklingen, i de primitiva djuren är inte de specialiserade cellerna så koncentrerade. T.ex hos Poirfera (svampdjur) är de olika cellerna lite huller om buller, förutom choanocyter som tar upp näring från vattnet.

Visst skrev dom om att bakterien "re-evolve"-rade denna egenskap?

"Nylon"-bakterierna hade mycket låg verkningsgrad (10% ?) och blev sjuka och svaga. I en naturlig miljö skulle dom inte ha en chans.

Om du kikar på några 3D-animationer på några friska proteiner och jämfört med en muterad variant så ser man hur proteinet förlorar sin exakta laddning och därmed sin komplicerade struktur. Det aktiva centrumet i enzymer som ofta sitter lite inbäddade kan i o f s bli mer blottade och kanske reagera lite mer spontant med olika ämnen. Men när det gäller den ursprungliga funktionen och uppgiften så är den skadad eller t o m förlorad. Enzymet får då problem att fästa till den punkt på den eller de molekyler som enzymet normal skall fästa till och utföra en reaktion med.

När man börjar fundera på hur informationen som styr och reglerar segmentering, cellspecialisering, mm vid produktionen av ett nytt foster blir det ännu svårare att acceptera att mutationer skall kunna orsaka detta.
För att en mutation som ger instruktioner för en ny egenskap i en eukaryot måste mutationen dessutom hamna rätt i hela produktionen. Hamna i rätt segment, i rätt sorts cell, slås på vid rätt tillfälle för produktion och få rätt "adresslapp" för att bli transporterad till en position i eller utanför cellen där den nya mutationen kan utföra sin nya uppgift.

Minns att vi måste tänka oss en utveckling utifrån en mycket primitiv urcell med endast mycket basala funktioner.
Till vår hjälp har vi dessa två destruktiva processer: det dödande, konservativa och oplanerande naturliga urvalet samt mutationer som orsakar att kopieringen av DNA inte sker som planerat.

stebe2
Citera
2011-11-12, 10:47
  #34
Medlem
stebe2s avatar
Citat:
Ursprungligen postat av Synbarken
Du måste ju även ta in selektion i beräkningen. Även om de flesta mutationer är negativa så kan gynnsamma mutationer, i de sällsynta fall de förekommer, föras vidare till nästa generation, medan de negativa selekteras bort.

Japp, det är de positiva mutationerna som vi måste räkna med. Det är också exempel på tydliga sådana som jag vill få exempel på.
Neutrala och betydelselösa mutationer som åker snålskjuts på andra egenskaper borde egentligen bara kosta energi och byggstenar i onödan när de skall kopieras och borde därför egentligen vara svagt negativa, (som kanske också ovan nämnda undersökning antyder).

Det naturliga urvalet är tyvärr inte någon pålitlig samarbetspartner heller. Det kan vara mycket oberäknerligt och överaskande. kriterierna för selektionen kan förändras mycket drastiskt. Många slumpmässiga situationer och händelser kan uppstå som inte tar någon hänsyn till överlevnadsvärdet hos olika individer. Miljön och klimatet kan också vara mycket lynnigt och plötsligt förändras. Klimatet har också så långt vi kan överblicka förändrats mycket med cykler ofta på mindre än 1000 år.

Selektionen har inget mål eller plan för sin selektering. Selekteringen är hänsynlös och obarmhärtig och tar bara hänsyn till funktion i en precis situation i nuet utan tanke på framtiden och övriga lovande talanger som kan finnas hos individen.

stebe2
Citera
2011-11-12, 13:05
  #35
Medlem
Myggan.ses avatar
Duplikationer av gener är väl ett rätt fint exempel.
Citera
2011-11-12, 14:43
  #36
Medlem
Citat:
Ursprungligen postat av stebe2
Laktosintolerans beror ju på en skada i produktionen för enzymet laktas.

Laktostoleranta har det oskadade genen för laktas som hjälper oss att bryta ner laktos även i vuxen ålder.
Fel. Det "normala" är att latkasproduktionen försvinner efter spädbarnsåldern. En mutation för ca 10000 år sedan gjorde att laktas produceras ända upp i vuxen ålder. Denna mutation gav en klar överlevnadsfördel och finns främst hos europeer. De flesta fullvuxna människor är laktosintoleranta liksom även de andra (fullvuxna) däggdjuren. (Så ge inte mjölk åt igelkottarna!)
Citera

Skapa ett konto eller logga in för att kommentera

Du måste vara medlem för att kunna kommentera

Skapa ett konto

Det är enkelt att registrera ett nytt konto

Bli medlem

Logga in

Har du redan ett konto? Logga in här

Logga in