Här kan du finna rätt mycket information om kryptering av ditt system. Så vitt jag förstår det så måste du ha en separat /boot samt att du bör kryptera alla partitioner i systemet, inklusive swap.
Det fungerar genom att systemet laddar kärnan och en initrd-fil på /boot, sen när den försöker mounta / så kommer du bli tillfrågad om lösenordet. Modulerna för att hantera krypteringen ligger inbakade i initrd-filen.
Jag har inte gjort det här själv, så jag är inte särskilt insatt, men jag tror det där kan vara en bra start. Krypteringsalgoritmer har jag inte heller särskilt stor koll på, tyvärr.
Lycka till.