Det ligger en bootsektor på en skiva där information finns för att ladda en annan mjukvara som ligger på skivan. Vilken fil som laddas beror på hur bootsektorn är skriven... och vad den är gjord för.
På hårddisk oftast kallat för MBR (Master Boot Record).
http://sv.wikipedia.org/wiki/Master_Boot_Record
För lite mer beskrivet, kolla ovanstående fast på engelska.