Citat:
Ursprungligen postat av
Takadongtakadang
Man avser samma sak. Varför man använder andra namn än de som används internationellt vet jag inte. Det man benämner GH/B.1 i dokumentet är 20B i mitt inlägg. Verkar det som, men jag är inte helt säker, måste läsa igenom det där och korskolla...
Ser nu att de använder GISAID Clade benämning. Samma sak, olika klassificeringssystem.
Jag använder Nextstrain klassificering.
Citat:
GISAID fokuserar på aminosyra förändringar i viruset, och har ett schema för klassifikation där konserverade mutationer bildar genetiska grupper. Nextstrain har ett schema för klassifikation som bygger på verktyget Augur, i korthet; sekvenser klassificeras löpande och namnges efter år (19, 20) och subgrupp (A, B, C). Detta sker när tillräckligt hög diversitet uppstått i en tillräckligt hög frekvens av genomen. PANGOLIN baserar sin analys på en dynamisk klassifikation som delar in sekvenserna i grupper baserat på ett antal formella kriterier, dvs att den har en eller fler förändringar från referensen, att det finns fem sekvenser med samma förändring och att de har starkt stöd i dataanalysen. I korthet ger GISAID och Nextstrain en grövre uppskattning om sekvensens släktskap och PANGOLIN ger en mer precis uppskattning. PANGOLIN själv har idag över 90 grupper, medan Nextstrain har fem och GISAID har sex.