Allomorfer är i svenskan bara ett samlingsbegrepp för olika variationer på olika morfem med samma funktion. T.ex. vid användning av pluraländelser, eller tempus.
Om vi säger att funktionen är plural, och ett ord som flicka, omskrivs som flickor för att betona flertalet så är -or en allomorf eftersom det för andra ord finns pluraländelser t.ex. för Pojkar (-ar). De är allomorfer av samma funktion.
Vad det beträffar fria allomorfer så hänvisar följande artikelutdrag till fonologin, alltså ljudnivån. Troligen att reglerna för när man ska använda en viss allomorf i från början kommer i från hur man talade dialektalt där ordet uppstod eller vad som med tiden blivit en norm. Fria allomorfer torde då vara de som passar alltid medan bundna är de som behöver vissa specifika substantiv för att användas. Men som sagt ditt svar har du troligen i fonologin.
Ur Wikipediaartikel:
"Man kan skilja på flera typer av allomorfer. I vissa fall råder fri variation mellan vilken variant man använder, men vanligen är vilken allomorf som skall användas betingad av fonologiska regler. Det förekommer också att en funktion, såsom plural, fylls av en form som inte på något sätt är fonologiskt relaterad till andra former, så kallad suppletion."