Precis som ^Eaz säger, finns mycket att felsöka. Frågan är dock om du har tid och orken

Antar att system profiler inte visar något?
Eventuellt kanske du kan prova att starta från installationsskivan och se om det fungerar där? Fast sen funkar förvisso startljudet.. förvirrad vid den här tidpunkten..
Du kan ju prova att dra ~/Library/Preferences/com.apple.soundpref.plist till desktop, reboota och se om det blir någon skillnad..