Det är ett välkänt problem. Googla lite, på t.ex. "Program folder pops up" och liknande, så hittar du flera förslag på lösningar. Har själv haft problemet, och då fick jag gå in i MSCONFIG och deaktivera en del inaktuella program.
http://www.google.com/search?hl=en&q=%22Program+Files%22+opens+startup&m eta=