Har inte forskat närmare i exakt vad det är som tar plats eftersom utrymme inte varit ett bekymmer. Men gentoo kräver ju även dependencies för att bygga binaries som kanske inte behövs under runtime. Sen kanske man har källkoden till några kerneler liggande.
Innan ominstallationen av min gamla stationära till server så tog alla småprogram, källkod och libs runt 20GB.
Nu säger jag inte att det inte går att bygga ett litet gentoosystem. Det finns ju färdiga verktyg för att göra sig av med onödiga deps och så kan man rensa all källkod i /usr/portage/distfiles/ osv.
Det finns många fördelar utöver ubuntu såklart. Ska man bara ha den som server så behöver man ju inte så många useflags och har man bara tid att vänta på kompileringen (sätta igång några hundra paket att tuffa på under några dagar) så blir det mer optimerat.
EDIT: följande länk kanske kan vara till hjälp om man ska bygga ett litet gentoosystem:
http://gentoo-wiki.com/HOWTO_Light_Gentoo_Installation