Tja, den skriver väl till någon sorts inställningfil? Kör "ls -a" i din hemmakatalog och se om det finns något som bränns, särskilt bland filerna med namn som börjar med punkt.
Hittar du någon fil som verkar vara rätt så öppnar du den med en editor och tittar på det som står där. Då kan du säkert gissa dig till hur du ska addera /opt/mozilla/bin/firefox/firefox.
---
Enklare kan vara att länka till din firefox från någon av katalogerna med vettiga namn, t.ex. /usr/local/bin. Jag förmodar att den där menumaker utgår från standardkataloger och det som finns i din $PATH, men det är bara min gissning.