Ännu en kemifråga! Tänk på de stackars fysikerna här, dom blir så lätt förvirrade när de betraktar för många atomer på samma gång.
Nåväl, till frågan. Det är svårt att ge en enkel men fortfarande någorlunda korrekt förklaring, men väl värt ett försök.
Den stora skillnaden mellan jon- och molekylföreningar är laddningsseparation. För att kunna förstå vad det handlar om måste vi titta på vad som håller ihop atomerna - bindningar.
I en jonbindning finns det en uttyckt laddningskillnad mellan de två jonerna. Vi har alltså (minst) en positivt laddad jon och en negativt laddad. De attraherar varandra med elektrostatiska krafter och det är dessa som utgör bindningen.
I molekylföreningar är bindningssituationen lite mer komplicerad. Förenklat kan man säga att atomerna "delar" på vissa elektroner och att detta utgör bindningen. Om man tänker sig atomkärnorna som två positiva laddningar så är det enkelt att förstå att dom skulle stöta ifrån varandra om det inte fanns några elektroner mellan dem. Det är just så s.k. kovalenta bindningar fungerar. Det hela ser mycket mer avancerat ut om man använder fikonspråk (vilket är berättigat eftersom det är en hel del kvantmekanik som ligger bakom fenomenet).
Den viktigaste faktorn för att bestämma om det handlar om en jonbindning eller kovalent binding är hur mycket atomkärnorna tycker om elektroner, eller snarare hur stor skillnaden i elektronegativitet är. Stor skillnad ger en starkare jonkaraktär medans det blir oftast blir kovalenta bindningar när skillnaden är liten.
Nu är inte heller alla joner enkla atomer, utan de flesta är faktiskt molekyler.