Ett svar som måste tas med en rejäl nypa salt eftersom att det handlar om gissningar, men:
Troligen tas det mesta av capsaicinet inte upp i tarmen utan fortsätter genom tarmen tills det kommer ut med avföringen. Det som tas upp i blodcirkulationen måste antingen vara mycket låg koncentration och/eller inte utsöndras via njurarna. Så kanske tas så lite av ämnet upp att blodkoncentrationen och därmed urinkoncentrationen är mycket låg. Eller så tas mer upp i tarmen men omsätts via levern och utsöndras via avföringen. Då hamnar lite/inget i urinen.