Vill hämta indata från en fråga i konsollen

Det kan den inte. I "värsta" fall får du en tom sträng.

Då spelar det ju ingen roll om man kör Console.Readline().ToLower();

ToLower fungerar ju på en tom sträng.

Jo, det har du rätt i.

Läs dokumentationen.
Om du inte förstår dokumentationen, testa att skriva in ctrl-z.

Rekommenderar den magiska ?-operatorn, om du i ditt fall du vill ha en av två distinkta värden:
int input = (Console.ReadLine().ToUpper() == "Y") ? 1 : 2;

Här behöver du alltså inte ens fånga format-fel med try/catch eftersom allt utom 1 eller null (exception) ger värdet 2.

Kan finnas en poäng med att försöka använda design som håller i alla språk, men för saker som if/else if/else blir det tämligen meningslöst.