För att göra det snyggt så ska OCR-texten skapas i ett sperat "dolt" lager så att dokumentet ser ut precis som innan. OCR texten syns då enbart om text markeras.
Exempel på program som klarar detta är Adobe Acrobat Paper Capture plug-in, men det finns säkert modernare.
http://blogs.adobe.com/acrobat/acrob..._your_scanned/