Det där med reparation av rättigheter är en rätt komplicerad historia. Vill du läsa allt om det så rekommenderar jag följande artikel:
http://www.macworld.com/article/1052220/repairpermissions.html
Artikeln är visserligen rätt gammal nu, men den förklarar många saker som folk missuppfattar om reparationen av rättigheter.
En sak som kanske kan orsaka problem kan vara en fil som används just nu, och skivverktyget har inte åtkomst till filen för att ändra rättigheterna.
Det är också skillnad på varningar och fel. Vissa saker är inställda som varningar, men ändras inte, eftersom de inte skall kunna orsaka några fel. Vissa saker är inställda som allvarliga fel och gör att skivverktyget försöker korrigera dem.
Kortfattat kan man säga att det finns många anledningar till att skivverktyget inte kan/vill reparera vissa rättigheter.
Generellt kan man säga att de flesta varningar som dyker upp varje gång, och som inte verkar repareras, kan man ignorera.
Det finns vissa varningar som t.o.m. Apple säger att man SKA ignorera. De kan du läsa om här:
http://support.apple.com/kb/TS1448?viewlocale=sv_SE
I äldre versioner (äldre än "Snow Leopard", 10.6) av operativet så listade den även det som skiljer i rättigheter mellan originalinstallationen av operativet och alla uppdateringar man gjort. Då kunde listan vara milslång, vilket var idiotiskt, eftersom detta inte var felaktigheter, utan bara ändrade rättigheter mellan uppdateringar. Dessa felmeddelanden dyker som tur är inte upp i listan längre.
Slutligen har du Apples instruktioner om reparation av rättigheter här:
http://support.apple.com/kb/HT1452?viewlocale=sv_SE
För att sammanfatta kan man säga att saker som skivverktyget inte kan fixa rättigheterna för kan du generellt sett ignorera.