Att plocka ut CPU ska inte kunna orsaka detta, dock ska du tänka på att byta ut kylpasta när du demonterar CPU. Återanvända gammal och ofta intorkad kylpasta kan vara fatalt.
Men till ditt problem, vad är det för ny maskinvara som dyker upp?
Då tangentbordet inte fungerar (som jag misstänker är USB) så låter det som att Windows tappat drivrutiner till chipset.
Kolla i BIOS om du inte kan ställa in så USB-tangenbord kan emulera PS2, då bör du inte ha några problem att använda tangentbordet även utan chipsetdrivers.