Jag har egentligen ingen större koll på Matlab och har aldrig använt simulink. Men jag ser att ingen nämnt python, numpy och scipy. Python som språk är fullständigt överlägset matlab, men det är värre med toolboxes och tillägg. Vad jag vet finns inget alternativ till Simulink.
Här finns lite startinfo om pylabs:
http://www.scipy.org/NumPyProConPage
Sedan finns det något som heter SAGE som består av allsjöns vettiga paket.
Det hela handlar om hur och var den ska användas. Numpy etc är gratis och således kan kod som produceras lämnas över och köras som den är utan ytterligare licenser som exempel. Problemet är ju om uppdragen kräver saker som inte går att uppnå mha de fria alternativen.