Vad jag skulle rekommendera vore att sätt i den nya hårddisken, installera OS'et på det (om det nu är det du ska ha på den) utan den befintliga hårddisken inkopplad.
Vissa program fungerar det bra utan att installera om, speciellt spel brukar fungera. Så där är det bara att pröva sig fram, dock alla "nytto" program rekommenderar jag dig att installera om på den nya HDD'n, såsom office, webbläsare och dylikt.
När OSet är installerat och klart på den nya hårddisken sätt i den gamla i datorn igen, för över alla filer som du vill ha kvar när det är klart, formatera den
angående samma operativsystem så ska det inte vara någon fara, se bara till att du använder den nyckeln som windows är aktiverat med, brukar finnas en klisterlapp med nyckeln på kruxet här är att om det är en dator ifrån tex, hp eller liknande så kanske det inte är samma nyckel som är aktiverad i datorn, så ladda hem valfri programvara som fungerar till den windowsversion du har att plocka fram den med. Bara för att vara säker så du har rätt nyckel innan du formaterar den gamla hårddisken, annars blir det jobbigt :S
Är det en oem version du har så kanske det behövs ett samtal till microsoft om du har aktiverat ditt windows för många gånger men det brukar inte vara några problem.