Jag hade samma problem och lösningen för mig var att jag körde med msgplus för att få tillbaka min kontaktlista på MSN.
Gick in på alternativ på hotmailen och kikade runt lite för jag tänkte se om det kanske fanns något så gick jag in på "Filter och rapportering" under Skräppost för att ta en snabbtitt, där hade följande ändrats automatiskt(eller av att någon hackat kontot, jag vet inte vilket, men har en vag känsla av att nr 2 inte är möjligt i min situation)
"Välj hur strikt filtreringen av skräppost ska vara."
hade ändrats från:
Standard - De flesta skräppostmeddelanden skickas till skräppostmappen.
till:
Exklusiv - Alla meddelanden skickas till skräppostmappen, utom meddelanden från dina kontakter och betrodda avsändare, tjänstmeddelanden från Windows Live Hotmail och aviseringar som du prenumererar på.
och
"Ange när skräppost ska tas bort."
hade ändrats från:
Senare - Skräppost flyttas automatiskt till skräppostmappen och tas bort efter tio dagar.
till:
Omedelbart - Skräppost tas bort med en gång.
Efter att jag hade ändrat tillbaka dessa 2 inställningarna till det jag hade från början, eller ja, borde räcka med att bara ändra när den tas bort, så kunde jag få mail igen iallafall, har bara haft problemet i en dag så har inte märkt av att det bara var skräppost som inte kunde komma fram med tanke på att man inte växlat några mail under denna tiden