Jag kan inte tänka mig någon annan förklaring än att gravitationen har separerat dem eftersom att de har olika densitet.
Nästan alla tunga ämnen på jorden återfinns trots allt i Jordens kärna. Att det ändå finns ådror av tunga grundämnen i jordskorpan beror gissningsvis på att strömmar råkade föra upp dem till ytan för några miljarder år sedan och sen har de bevisligen frusit fast där.
Om man till exempel tänker på den ledande hypotesen om månens formation så förstår man att jorden vispades om då och då under sin skapelse.
Edit: Alltså den här hypotesen:
http://www.youtube.com/watch?v=ibV4MdN5wo0&feature=related
Här med schyssta simuleringar i färg

.