Tobias Sammet's Avantasia.

Projektet har en underliggande fiktiv historia som presenteras i sin helhet i albumens konvolut. Hittills innehåller projektet två skivor med 23 akter. Historien tar plats i början på 1600 talet, och börjar med Gabriel Laymann som är novis i ett kloster (Mainz). Han bestämmer sig för att delta i häxjakterna som pågår, men stöter på problem då han återförenas med sin styvsyster, Anna Held, som står anklagad som häxa. Gabriel börjar tvivla på klostrets trovärdighet och smyger in i biblioteket och läser en förbjuden bok. Hans mentor, Broder Jakob, upptäcker honom och Gabriel slängs in i en fängelsehåla. Där möter han druiden Lugaid Vandroiy, som berättar om Avantasia som ligger i en annan dimension och som är i stor fara. Lugaid erbjuder att hjälpa Anna Held om Gabriel hjälper honom att rädda Avantasia. De lyckas fly från fängelsehålan och Lugaid tar Gabriel till en uråldrig stenpelare som innehåller en portal mellan de två världarna. Via denna tar sig Gabriel till Avantasia.

Under tiden reser Johann Adam von Bicken, biskop av Mainz, Broder Jakob, och officeren Falk von Kronberg till Rom för att möta påven Clement VIII. Med sig har de den förbjudna boken Gabriel tidigare läst, boken är i själva verket enligt gamla dokument det sista av sju delar i ett sigill som kommer att ge ägaren absolut visdom om det tas till ett torn i centrala Avantasia.

När Gabriel anländer till Avantasia välkomnas han av alven Elderan och dvärgen Regrin. De berättar om kampen mot det onda, och om de grava konsekvenser som kommer uppstå om påven använder sigillet - då kommer länken mellan Avantasia och människornas värld att brytas med katastrofala följder för båda parter. Gabriel anländer till tornet precis i tid, och medan påven talar med en mystisk röst som kommer från tornet självt lyckas Gabriel stjäla boken och i kaoset som följer återföra den till den alviska staden. Detta markerar slutet på part I.

Gabriel är dock inte nöjd, utan vill veta mer om Avantasia, så Elderan tar honom till visdomens träd. Där har han en vision om hur Broder Jakob torteras i ett hav av eld. Elderan berättar då om en gyllene kalk som finns i katakomberna i Rom, där ett otal torterade själar är fångade men varnar också för en fruktansvärd best som vaktar kalken. Trots Elderans varningar tar sig Gabriel och Regrin till människovärlden. De hittar kalken och välter den så många själar kan fly ifrån den. Dock vaknar besten och attackerar dem, Regrin dödas men Gabriel lyckas fly.

Efteråt träffar Gabriel Vandroiy som har väntat på honom. Vandroiy uppfyller sitt löfte och smyger in till fängelset för att frita Anna. Under detta stöter han på Broder Jakob, som ändrat uppfattning, och planerar att göra detsamma. Falk von Kronberg, som haft sina egna misstankar, lyckas fånga och arrestera dem. En strid utbryter, Vandroiy dödas av Falk von Kronberg, som i sin tur dödas av Broder Jakob. Anna lyckas fly i tumultet och återförenas med Gabriel och tillsammans går de ett okänt öde tillmötes - vilket markerar slutet på part II.

Genom hela handlingen finns låtar från de två skivorna som delvis berättar denna historia.