CHKDSK - problem med filsystem

Jag tänkte defragmentera hårddisken med O&O defrag som vill köra chkdsk innan den börjar.
Det gick inge vidare, allt som kom fram var "CHKDSK: Error detected"

Så jag körde en CHKDSK /R i cmd, allt gick fint.
"Disk is clean.", sade den.

För att vara på den säkra sidan så körde jag en vanlig CHKDSK i cmd så fort jag kom in i Windows, nu börjar det jag inte förstår:
"CHKDSK discovered free space marked as allocated in the volume bitmap."

"Windows found problems with the file system."
"Run CHKDSK with the /F (FIX) option to correct these."

Jaså, okej - jag körde CHKDSK /F direkt.
"Windows checked the file system and found no problems.", sade den.

Jag körde en vanlig CHKDSK igen så fort jag kom in i Windows:
"CHKDSK discovered free space marked as allocated in the master file table (MFT) bitmap."
"Correcting errors in the Volume Bitmap."
"Windows found problems with the file system."
"Run CHKDSK with the /F (FIX) option to correct these."

Jaha, jag gjorde som den sade, CHKDSK /F, igen:
"Windows checked the file system and found no problems."

Okej! En sista gång i Windows då, bara för att vara säker:
"Windows found problems with the file system."
"Run CHKDSK with the /F (FIX) option to correct these."

-

"Errors found. CHKDSK cannot continue in read-only mode", får jag också som svar ibland när jag kör CHKDSK.

Är det bara att fortsätta eller kan det vara någonting annat som är knas?

Microsoft Technet

är det systempartitionen du försöker kolla, när du får det där meddelandet så beror det på att disken används, ingenting du behöver bry dig om således.

Jo det stämmer att det är systempartitionen.
Misstänkte att det här "problemet" kunde höra ihop med eller förklara två andra problem jag har med datorn just nu.

Men men, tack!

Hmmm...
Upptäckte precis någonting underligt,

C:
Total Size: 16.54 GB
Used space: 12,47 GB
Free disk space: 1.02 GB


Hur går detta ihop?