Med det menas att programmet troligen har gjort ändringar och tillägg i windowsregistret. Enkelt kan man förklara det som att det är en stor databas där alla inställningar i ditt windows sparas, likväl som diverse programdata och dess eventuella konfigurationer.
http://en.wikipedia.org/wiki/Windows_Registry
Registret ska du definitivt inte gå in och peta i om du inte är säker på vad du gör, eftersom felaktiga ändringar i det kan få din dator att bete sej lustigt eller i värsta fall inte starta alls.