synaptic

http://ubuntuforums.org/archive/index.php/t-922471.html
där diskuterar de samma problem, men det verkar finnas en del olika orsaker. en hade proxy inställt i /etc/apt/apt.conf medan en annan inte hade någonting i den filen. kolla om den finns och vad som står i den.
en annan påstod sig löst det genom att uppdatera från en annan användare...

uppstår problemet när du uppdaterar genom terminalen?