Det finns ju enkla (äldre) program som bara är en .exe-fil fast det vet du väl. I Windows barndom, eller DOS, var det väl oftast så. Fast även dessa skapade nog ofta en och annan register-nyckel kan jag tänka mig. En .exe fil är egentligen bara ett körbart (exekverbart) paket, så egentligen är det precis så som du vill ha det. Alltså att filerna ligger kring själva program-filen när du hämtar dom. Fast med skillnaden att den "yttre .exe-filen" innehåller instruktioner om vilka filer som ska läggas var, alltså inte bara lägger filerna i samma mapp som .exe-filen.
Allt detta är gjort för att förenkla för användaren, windows siktar ju på att vara användarvänligt. (nybörjarvänligt). Jag tror också att en orsak till att filerna hamnar på olika ställen, är att allting allt mera ska "samköras" och kunna användas av olika program som samarbetar och olika användare osv.
Jag gillar inte heller systemet med .exe-filer, "integration" av allting i datorn och fler-användar-system. Jag hade hellre kunnat välja att bara ha en användare, välja själv vilka mappar där alla saker ska vara, och att ett program hade alla sina filer i EN mapp. Den gröten i windows "documents"-området med alla genvägar, appdata, local settings osv. är alldeles hemsk.
Men, kort svar: Jag tror det beror på den "integrerade användarvänligheten"