Problem med att filer inte kopieras vid manuell backup

När jag gör manuell backup från en disk till en annan, dvs. kopierar över filer till en annan hårddisk så blir inte alla filer kopierade. Jag gör detta i Windows 7 och får inget felmeddelande. Jag tror inte att det är för att sökvägarna är för långa för jag har redan skrivit ett program som hittar alla som är för långa så jag kunnat ändra det.

Någon som vet vad problemet är och finns det någon mjukvara som kan hjälpa mig få över alla filer?

Jag använder Total Commander och har så gjort sedan urminnes tider. Har aldrig felat.

Välj i windows att visa dolda filer, visa skyddade systemfiler, visa tomma kataloger, visa filändelser och allt sånt där. Tryck "verkställ". Klicka sedan på knappen "Använd i alla mappar".
Försök nu kopiera, se om allt kommer med.