Är det inte så att VLC skiter i att du har döpt om filen till samma namn, och har den i samma mapp? Om du startar VLC och klickar på "öppna" så får du väl välja först mediefil och sedan om du vill ladda en subtitle till den?
Annars använd MPC om du vill starta subtitle automatiskt genom att ha den i samma mapp med samma namn