Mja... det verkar ju ändå som att filstrukturen inte mår riktigt bra, när du får den typen av felmeddelande. Risken finns att liknande kan uppträda igen.
Efter att du körde CHKDSK /F, fick du någon indikation på vad som eventuellt rättades till? Typ ett gäng .CHK-filer i roten?