Alternativ 1.
Du har alltså formaterat D: och inte C: när du skulle installera.
Det är omöjligt för Windows att hitta filer på en formaterad, ren partition utan att använda program speciellt gjorda för detta.
Alternativ 2.
Du har formaterat C:, men installerat Windows på D: och Windows placerat systemfiler på C: som innehåller MBR.
Foliehattalternativ:
Något väsen har placerat hemliga, oraderabara filer på din disk för framtida hyss.
Lösningen för alla alternativ är att formatera om båda partitioner och hålla koll på vilken partition Windows vill installeras på.