Ser att nautilus har en bugg med att uppdatera mappinnehåll.
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+s...us/+bug/573160
Testa att döda nautilus processen, så kanske det kommer igång.
Prova även med en annan filebrowser som thunar och se om det löser problemet.
Om du går in via terminal och läser filen, är den uppdaterad då ?
Edit och tillägg.
Buggen verkar inte direkt ligga i nautilus utan programmet inotifywatch.
Kolla post 31 i länken ovan,
och man för inotifywatchger ger ett exempel på hur du manuellt kan lägga till mappar som ska indexeras.
http://linux.die.net/man/1/inotifywatch