I kvantdatorer så används (teoretiskt)
qubits som siljer sig en aning från vanliga binära representationen. Läs mer på
http://en.wikipedia.org/wiki/Qubit , det är en aning brainfuck, men intressant.
Om man ska svara på frågan i topic, så tror jag anledningen till att binära tal är med i alienfilmer är för att det ser tufft ut. Det hade aldrig funkat givetvis. Är ju (utifrån en godtycklig sträng ettor och nollor) omöjligt att veta vilken bit som är högsta värdet, och hur negativa tal representeras.
I övrigt så är binära tal väldigt lätta att representera, och på så sätt så kan det väl anses praktiskt. Rätt tufft att kunna räkna binärt på händerna med
http://en.wikipedia.org/wiki/Finger_binary