Du får skilja på self-contained och sandboxade applikationer.
I stort sett alla macOS appar är self-contained dvs precis som det sagts ovan så är en app egentligen en katalog som innehåller de resurser applikationen behöver (exkluderat systembibliotek), detta är för att att appen inte ska behöva något installationsprogram utan det går dra och släppa där man vill ha den.
Appar har fungerat så på macOS sedan tidernas begynnelse i stort sett, tidigare använde man ett multidimensionellt filsystem som hade olika "spår" i filerna där den ena var data (som på 68k appar var oanvänt överlag, på powerpc sparades programkoden där) den andra resurs spåret som innehöll olika delar av programmet. Detta var ett ganska elegant sätt att förhindra att applikationer hade mängder med filer och blev lätt för användaren att dra och släppa vart som från/till vilken disk som helst, men det hade också ett stort problem det var direkt inkompatibelt med filsystem som inte hade stöd för flera dimensioner vilket krånglade till det rejält när internet kom in i bilden. (Kan läsa mer om det här om du är intresserad av tankegångarna osv...
https://en.wikipedia.org/wiki/Resource_fork)
när MacOS X lanserades så fortsatte det stödja detta ett par år men man adopterade OpenSteps motsvarighet som var att binärer osv sparades i "bundles" som är just bara en mapp med en viss ändelse beroende på typ, .app för applikationer som exempel men det används till en mängd olika "filformat".
Detta är vad self-contained innebär i vilket fall.
Det andra är sandboxed, för det är något betydligt nyare på macOS och går kortfattat ut på att en applikation kan innehålla en entitlements fil som ger den rättighet till olika APIer och delar av filsystemet, appar som säljs på AppStore måste ha detta, appar som du får tag på andra vägar har än så länge inget krav på det på macOS (vad jag känner till) men vissa APIer är onåbara om din binär inte är signerad och har en entitlements fil. Sandboxningen i sig är forcerad på kärnnivå om den är aktiv för den appen.
Detta är helt enkelt ett säkerhetslager som är i komplement med self-contained.