Citat:
Ursprungligen postat av LASSE RASMEDVETEN
Okay - Du har nog rätt i att den effekt jag nämnde är för liten för att platsa som en del i förklaringen till den höga affiniteten, även om jag vidhåller att en entropisk effekt föreligger, om än försumbar.
Jag tänker mig en analogi i hur en rigid ligand (min tänkta motsvarighet till två bindningar på en och samma atom) som binder till en receptor har högre affinitet till receptorn än en motsvarande flexibel ligant pga att den senare tappar frihetsgrader. I analogin räknar man visserligen även teoretiskt med frihetsgrader, vilket man kanske inte idealt gör mellan atomer i en fast substans, men jag föreställer mig att rörligheten mellan atomer inom en molekyl i praktiken inte skall försummas (annat än i relation till sådana energier som frågan rör sig med).
Kul annars med någon som har intuitiv känsla för entropi. Det brukar vara rätt många som är hyfsade på att räkna med entropi, men som förståelsemässigt ändå har svårt att ta begreppet till sig.
Folk läser formler och tror de begriper ngt men de fattar inte ett jävla dugg oftast. Det handlar om att tänka på vad är det egentligen syftet med det hela är ? Som tex med hastighet eller fart på en bil, vad mäter man ? Varför ?
Entropi är oordning säger folk som vill verka duktiga, visst visst det kan man säga men varför inte förtydliga det hela ? Entropi är som jag skrev ovan och kan liknas med att ha tio klossar på en enda hög för att sedan placera dem på säg fyra högar med tex tre i två av dessa och två i de andra, men sen kan man tex välja att placera tio klossar i tio högar. Det sista är vad naturen vill göra, sprida ut energin på fler tillstånd vid samma omständighet. Ökar man temperaturen, dvs energin, får man fler klossar att leka med. Om man gillar siffror kan man härleda fram entropin genom ngt som heter Carnots kretsprocess.
Tror man ska vara försiktig med att använda entropi och termodynamik, som egentligen behandlar stora statistiska system, med en sådan sak som en receptor eller active site i ett protein och ett substrat då det helt plötsligt har blivit reducerat till ett icke termodynamiskt systen även om man nu kan välja att se det så. Men receptorer och affinitet till substrat handlar ofta mer om rena vätebindnignar till följd av korrekta avstånd i rymden mellan kopplande aminosyror och substrat och jag skulle vara mycket försiktig med att tala om grova saker som entropi och annat i sådana sammanhang.